Монгол Улсын Засгийн Газрын 2002 оны 168 дугаар тогтоол, Ерөнхий сайдын 94 дүгээр захирамжаар Мэргэжлийн хяналтын нэгдсэн тогтолцоог бий болгож, Улсын мэргэжлийн хяналтын газар байгуулагдсанаар түүний бүтцэд тухайн үеийн Эрүүл ахуй, халдвар судлалын хяналтын албаны лаборатори, Эм биобэлдмэл, эмчилгээний чанарын хяналтын лаборатори, Хөдөө аж ахуйн хяналтын улсын албаны лабораториудыг нэгтгэн Нэгдсэн төв лабораторийг байгуулсан түүхтэй.

• 1947 онд Үр шинжлэх лаборатори
• 1957 онд Эрүүл ахуй халдвар судлалын лаборатори
• 1962 онд Ургамлын хорио цээрийн лаборатори
• 1695 онд Эм шалгах лаборатори
• 1985 онд Хор судлалын лаборатори тус тус байгуулагдаж байсан

Одоо тус лаборатори нь Хүнсний бүтээгдэхүүний аюулгүй байдлыг хангах тухай хууль, Монгол Засгийн газрын 2013 оны 330 дугаар тогтоолын дагуу Хүнсний аюулгүй байдлын үндэсний лавлагаа лаборатори болж, хяналтын байгууллагын хяналт шалгалтын үр дүнг лабораторийн шинжилгээгээр баталгаажуулах үндсэн чиг үүргээс гадна хүнсний аюулгүй байдлын эрсдлийн үнэлгээ хийх, хүнсний шинжилгээний мэдээллийн сан бүрдүүлэх, лабораториудын ур чадварыг үнэлэх сорилтыг зохион байгуулах, эрдэм шинжилгээ, судалгааны ажил явуулах чиглэлээр үйл ажиллагаагаа өргөжүүлэн ажиллаж байна